二化螟Ty3/gypsy反转座子的克隆与序列分析

作者：李晓欢; 罗光华; 张志春; 刘宝生; 方继朝

来源：中国水稻科学, 2014, (03): 314-321.

• 二化螟
• 反转座子
• Ty3/gypsy
• 克隆
• 序列分析

转座子是宿主基因组的重要组成部分。Ty3/gypsy反转座子是广泛存在于生物体内的一类反转座子。通过反向PCR(inverse PCR)和基因组步移方法成功地从二化螟体内获得一个具有完整结构的Ty3/gypsy反转座子拷贝,命名为Csu-Ty3(GenBank登录号:KJ191261)。该反转座子拷贝全长4 934bp,在基因组上插入的靶位点(target sit duplications,TSDs)是"AACGT",两端的长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)不完全相同,5′端LTR长161bp,3′端LTR长168bp,两者的一致度为93.5%;在靠近3′端LTR处有一段长15bp的嘌呤尾(polypurine tract,PPT)序列。经ORF Finder分析,Csu-Ty3中包含三个独立的ORF,从左至右第一个ORF编码类似病毒的结构蛋白,称为GAG蛋白;第二个ORF编码天冬氨酰蛋白酶(aspartic protease,AP)蛋白;第三个ORF编码一个多聚蛋白,包含反转录酶(reverse transcriptase,RT)、RNA酶H(RNase H,RH)以及整合酶(integrase,IN)。Southern杂交显示二化螟不同地理种群中均有较多的Csu-Ty3拷贝。在特定基因座位上,对Csu-Ty3拷贝插入与否的检测结果显示,二化螟不同地理种群中在该位点上均含有Csu-Ty3拷贝的插入,但在德阳和江津种群中有些个体在该位点上没有检测到Csu-Ty3拷贝的插入。

• 单位
  江苏省农业科学院