DNA提取方法对活性污泥微生物多样性PCR-DGGE检测的影响

摘要

评价超声波法、2种基于SDS的裂解法、改进的化学裂解法、微波法和冻融+玻璃珠+溶菌酶+SDS等6种DNA提取方法对活性污泥微生物多样性PCR-DGGE检测的影响。结果表明,2种不同的DNA纯化方式(溶液和胶纯化)及PCR扩增方式(直接和巢式PCR)对DGGE结果没有明显的影响,但不同的DNA提取方法对DGGE结果有明显的影响,其中2种基于SDS裂解法的DGGE条带较多,其提取的DNA产量(14.85μg/g湿重)和纯度(OD260∶OD280>1.80)也最高;改进的化学裂解法和微波法次之;超声波法、冻融+玻璃珠+溶菌酶+SDS法较少。研究表明,DNA提取方法是影响活性污泥微生物多样性PCR-DGGE检测结果的关键因素,基于SDS的裂解法是用于活性污泥微生物多样性PCR-DGGE研究的一种简便、可靠的总DNA提取方法。

关键词