120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq及SNP分析

Authors：顾丽红; 李金明; 张细权; 邱峰芳; 邢增杨; 林哲敏

Source：黑龙江畜牧兽医, 2019, (23): 18-24+29.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.01.0465

• 隐性白羽洛克鸡
• RNA测序
• 可变剪接
• 单核苷酸多态性
• 新转录本
• 基因结构 Recessive white rock chicken
• RNA-Seq
• alternative splicing
• SNP
• novel transcript
• gene structure

为了深入挖掘隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的数据信息,进一步完善隐性白羽洛克鸡的基因组注释情况,试验采用生物信息学方法对120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的5 082 036 200 bp的高质量序列数据进行了单核苷酸多态性(SNP)查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测研究。结果表明:数据挖掘得到103 926个可靠的SNP位点,29 525个可变剪接, 10 403个优化基因,预测到新转录本798个。说明该研究结果能够进一步完善隐性白羽洛克鸡基因组注释情况,并可丰富其SNP数据和可变剪切数据。

• Institution
  华南农业大学; 海南大学; 海南省农业科学院; 东华理工大学