叶蝉EST资源的微卫星信息分析

作者：胡德辉; 焦晓真; 桑洪玉; 邱永福; 李容柏

来源：南方农业学报, 2013, (04): 558-561.

• 叶蝉
• EST
• SSR
• EST-SSR
• 引物筛选 leafhopper
• expressed sequence tag
• simple sequence repeat
• EST-SSR
• primer selection

【目的】分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础。【方法】利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记。【结果】11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb。按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17.6%;其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2.63kb。在2~5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77.3%,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40.7%;双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39.1%。【结论】从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大。

• 单位
  广西大学; 广西民族大学