鱼类环境DNA保存条件的比较研究

作者：刘洋; 应方; 杨俊; 王焕英; 洪文杰; 王庭璋^*

来源：生物学杂志, 2023, 1-7.

• eDNA
• 保存条件
• DNA提取
• 扩增子测序
• ASVs方法

为探索环境水样中鱼类DNA的最佳保存方法和保存时间,选取饲养鱼的水样为研究对象,在无核酸污染的环境中,采用0.45μm孔径滤膜对相同体积的水样进行预处理,并对富集环境DNA(eDNA)的滤膜进行不同保存方法和不同保存时间捕获的eDNA质量、鱼类12S rRNA基因文库浓度、基于ASVs方法的鱼类12S rRNA扩增子测序结果的比较研究。研究结果显示:-20℃冷冻、-80℃冷冻、无水乙醇-常温、75%乙醇-常温、Longmire’s保存液-常温以及TK保存液-常温等6种保存方法捕获的eDNA效果最好的是TK保存液-常温,其次为冷冻保存(-20℃、-80℃)。-20℃冷冻、-80℃冷冻和TK保存液-常温等3种保存方法在同一保存时间下具有良好的稳定性,且在保存时间2周内的测试条件下,也能稳定保存滤膜,最大程度还原水样中鱼类的遗传信息。研究对eDNA样本最佳保存条件的探索,将为第三方基因检测实验室对鱼类eDNA保存策略提供技术基础,便于eDNA宏条形码技术的开展。