甘蔗天冬氨酰半醛脱氢酶基因的电子克隆与分析

Authors：黄宁; 张玉叶; 苏亚春; 罗俊; 王建华; 苏炜华; 许莉萍; 阙友雄

Source：生物信息学, 2013, (02): 91-99.

• 甘蔗
• ASADH基因
• 电子克隆
• 生物信息学
• 电子表达分析 Sugarcane
• ASADH Gene
• In Silico Cloning
• Bioinformatics
• Electronic Expression Analysis

应用电子克隆技术,以水稻EF576477序列为探针,获得了甘蔗天冬氨酰半醛脱氢酶基因(aspartate-semialdehyde dehydrogenase,ASADH)的一条cDNA全长序列,命名为ScASADH。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、疏水性/亲水性、高级结构及功能域等方面进行预测和分析。结果表明:该基因全长1711bp,包含一个1128bp的开放阅读框,编码375个氨基酸,该基因编码蛋白定位于细胞核,为可溶性蛋白,存在信号肽,二级结构原件多为无规卷曲,含有多个保守功能域,主要功能为翻译。电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗根尖、幼苗、花序、叶片和茎中组成型表达,其中在茎中的表达量比其他组织类型中表达量高。该基因的表达受葡萄糖杆菌和赤腐病菌的调控。

• Institution
  福建农林大学