FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究

作者：万华; 常珊

来源：湖北农业科学, 2014, (9): 2184-2188.

DOI：10.3969/j.issn.0439-8114.2014.09.058

• FoxO1
• DNA
• 分子动力学模拟
• 大沟
• 小沟

采用分子动力学分别模拟了FoxO1和两个不同的DNA序列IRE-DNA、DBE-DNA结合形成的复合物结构。6 ns的分子动力学模拟结果表明,FoxO1/DBE-DNA系统较FoxO1/IRE-DNA系统更稳定,和试验中活性测试结果一致。两个系统的氢键计算显示,DBE-DNA在碱基Thy2、Gua3和Thy7′上和FoxO1形成了更多的高占有率的氢键,使得DBE-DNA和FoxO1结合得更加紧密。通过比较DNA构象参数,揭示了DNA序列在5′端小沟的压缩以及3′端大沟的扩张是有利于和FoxO1结合的优势构象。为从原子水平上理解FoxO1的调控机理提供了一定的理论依据。

• 单位
  华南农业大学; 华南农业大学/信息学院