高危前列腺癌患者基因表达谱的变化及生物信息学分析

作者：郭亚收; 徐晓峰; 李楠; 孙娜; 段丽芳

来源：现代肿瘤医学, 2019, (08): 1281-1284.

• 前列腺癌
• 基因表达
• 计算生物学

目的:分析高危前列腺癌(high-risk prostate cancer)患者前列腺癌组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为高危前列腺癌的诊断及治疗提供新的理论依据。方法:从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载来自于丹麦一个人群队列(正常前列腺14例,前列腺癌36例)的前列腺组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析(Gene-Cloud of Biotechnology Informs,GCBI)实验平台、GenClip2.0、Sytoscape3.5.1等软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述高危前列腺癌发展的分子机制。结果:与正常前列腺组相比,高危前列腺癌组共有4828个(8.83%)差异表达基因;主要涉及细胞黏附、细胞运动、细胞发育等功能。SOCS3、VEGFA、TOP2A和FGFR2基因为蛋白网络核心节点,均与高危前列腺癌的发生具有密切关系。结论:SOCS3、VEGFA、TOP2A和FGFR2基因为蛋白网络核心节点,在高危前列腺癌组中差异表达,其功能主要涉及P450细胞色素通路、β信号通路、血小板通路、细胞连接组织通路、ECM受体通路等9条通路。

• 单位
  陕西中医学院; 咸阳市中心医院