PCBP2基因座位上长非编码RNA的筛选与鉴定

Authors：赵阿妮; 朱丽媛; 吴朝; 刘雪梅; 阴彬; 张靖

Source：基础医学与临床, 2013, (06): 694-698.

• ESTs
• 生物信息学分析
• long noncoding RNA
• 筛选
• 鉴定
• 表达谱分析 ESTs
• bioinformatic analysis
• long noncoding RNA
• screening
• identification
• expression

目的从EST鉴定入手利用生物信息学方法筛选验证PCBP2基因内部UC.338基因座位附近的长非编码RNA。方法首先利用生物信息学方法筛选包含内含子转录区域的ESTs,经CPC分析和统计学比较,共筛选到4个(人、鼠各两个)可能的lncRNAs,用PCR方法进行鉴定,克隆到pGEM-T载体测序验证,并用PCR,real-time PCR的方法检测各ESTs在人源细胞系或小鼠不同组织,小鼠发育不同时间点大脑中的表达谱。结果筛选到4个ESTs中有3个ESTs均具有一定的非编码特征,并最终测序正确:1个人源,2个鼠源,并且其中有些lncRNAs具有一定的细胞、组织特异性,有些lncRNAs具有广谱表达模式。结论使用了一种新的寻找lncRNAs的方法,从EST鉴定入手,对现有数据库进行了挖掘。找到了可能在小鼠大脑发育过程中起作用的lncRNAs。

• Institution
  中国医学科学院基础医学研究所; 河北北方学院