西洋接骨木转录组SSR挖掘及荧光标记开发

作者：姚俊修; 李善文; 任飞; 李庆华; 刘学良; 吴德军; 燕丽萍

来源：中南林业科技大学学报, 2019, (12): 123-129+147.

DOI：10.14067/j.cnki.1673-923x.2019.12.016

• 西洋接骨木
• 转录组
• SSR
• 荧光标记 Sambucus nigra L.
• transcriptome
• fluorescent marker

转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257 975条Unigene,检测到64 148个SSR位点,分布于51 336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的38.63%和9.11%。A/T和AG/CT是单核酸和二核苷酸的优势重复基元。...

• 单位
  山东农业大学