基于地黄转录组数据的SNP标记开发与地黄指纹图谱构建

作者：郭萌萌; 周延清; 段红英; 杨珂; 邵露营

来源：生物技术通报, 2019, (11): 224-230.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0409

• 地黄
• 转录组
• SNP标记开发
• 指纹图谱
• 品种鉴定 Rehmannia glutinosa
• transcriptome
• single nucleotide polymorphism(SNP)markers
• fingerprint
• variety identification

地黄(Rehmannia glutinosa)是一种具有较高药用价值和经济价值的植物。准确的品种鉴定对地黄种质管理和育种至关重要,使用SNP分子标记来鉴定地黄种质和构建指纹图谱对地黄分子标记育种提供了新方法。利用地黄转录组数据和SRA数据库中的3个地黄转录组数据比对,寻找候选SNP,用PCR技术扩增和序列分析研究28个地黄品种候选SNP变异。从地黄转录组数据中获得了102 075条Unigenes,其中共有SNP位点35 339个,发生频率为0.51/kb;从中随机选取40个候选SNP位点,设计引物39对,用PCR和序列分析从中筛选出7对好的SNP引物,包含8个多态性好的SNP位点;利用最终筛...

• 单位
  河南师范大学; 生命科学学院