基于新一代测序技术的mtDNA突变检测方法学的建立

作者：李薇薇; 王晨曲; 黄启超; 李德洋; 尚玉奎; 邢金良

来源：现代生物医学进展, 2013, (13): 2433-2436.

• 线粒体DNA
• 突变
• 新一代测序技术 Mitochondrial DNA
• Mutation
• Next-generation sequencing

目的:大量研究证实线粒体DNA(mtDNA)突变与肿瘤发生及进展密切相关,但使用传统测序方法难以高通量、高精确度的检测mtDNA突变,为此本研究建立了基于新一代测序技术的mtDNA突变检测方法。方法:提取肝癌患者癌、癌旁组织以及外周血细胞总DNA,利用PCR技术对线粒体基因组进行富集并对PCR产物进行平末端、粘性末端连接或对PCR引物进行氨基修饰,构建mtDNA测序文库。经Illumina HiSeq 2000平台测序后利用生物信息学方法与人类mtDNA参考序列进行比对,并进行测序数据分析。结果:通过对不同质量基因组DNA进行评估后,发现三对引物法适用于大部分DNA样本的mtDNA富集。进一步我们发现PCR引物的氨基修饰可显著提高测序数据覆盖均一性,降低测序成本。结论:本研究利用新一代测序技术通过对线粒体DNA富集方法以及测序覆盖度均一性进行优化,建立了一套灵敏、特异、高通量的mtDNA突变检测策略,为mtDNA突变与疾病研究提供了新方法。

• 单位
  中国人民解放军第四军医大学