黄连对羟苯基丙酮酸双加氧酶的生物信息学分析

作者：卢振; 梁玉玲; 王杰

来源：基因组学与应用生物学, 2018, (04): 1604-1613.

DOI：10.13417/j.gab.037.001604

• 黄连
• HPPD
• 生物信息学方法
• 配体结合位点 Coptis japonica
• Bioinformatic methods
• Ligand binding sites

本研究以黄连hppd基因编码的对羟苯基丙酮酸双加氧酶(4-Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase,HPPD)为研究对象,用生物信息学方法对该蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、亲疏水性、二级结构及模体、三级结构等进行分析。表明该酶的ORF可以编码430个氨基酸,是一种无信号肽、无跨膜结构、定位于微体和细胞质的可溶性亲水蛋白。无卷曲螺旋,α-螺旋和无规则卷曲为主要的二级结构元件。三级结构建模采用SWISS-MODEL建模,Ramachandran评估显示均为可靠模型。并用3DLigand Site配体结合位点预测系统预测配体结合位点。

• 单位
  河北大学; 生命科学学院