KSI：面向TB级别的DNA序列匹配软件库

作者：赵喜全; 李旭; 吕慧伟; 谭光明

来源：高技术通讯, 2016, 25(12).

DOI：10.3772/j.issn.1002-0470.2015.12.001

• 生物信息学
• k-mer匹配
• DNA序列处理
• 应用程序编程接口

为了满足对不同物种进行DNA序列分析的需求和适应DNA序列数据的快速增长，针对目前DNA序列分析软件大都各自实现一套序列存储和查询功能，工作重复且没有考虑并行性、扩展性和分布式系统或环境的缺陷，基于DNA序列分析的基本操作k-mer匹配，设计并实现了一个面向 TB 量级的 DNA 序列匹配软件库———k-mer 查找接口（ KSI）。 KSI提供了一套分布式环境下的编程接口，并且针对生物计算领域的DNA序列匹配进行优化。实验显示，KSI为DNA序列匹配提供了一个高效的解决方案。

• 单位
  中国科学院研究生院; 北京; 中国科学院计算技术研究所