采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响

Authors：肖英平; 何祥祥; 戴宝玲; 桂国弘; 唐标; 杨华

Source：食品科学, 2017, 38(24): 260-264.

DOI：10.7506/spkx1002-6630-201724042

• 冷鲜鸡
• 菌群结构
• 涂抹法
• 冲洗法
• 高通量测序

目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响.方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计.结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P>0.05).高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属.变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%.结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性.本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料.