现代大学制度是现代大学组织得以存在的基础,离开了现代大学制度,大学将不复存在。然而现代大学制度的构建需要考量其制度理性。现代大学制度的制度理性体现在它的价值理性和工具理性两个方面。学术自由等大学精神体现在其价值理性上,大学的微观治理体现在其工具理性上,二者在现代大学制度的构建过程中融为一体。大学制度的价值理性和工具理性的结合,保证了现代大学组织从一种良制走向善治。