刺五加功能基因密码子偏好性的分析

摘要

目的分析刺五加功能基因密码子的使用方式及其影响因素。方法以刺五加的17条功能基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析。结果刺五加功能基因密码子3个位置的GC量依次为51.03%、41.23%和40.04%,三者均与整个编码区的GC量显著相关(P<0.05),GC12与GC3的相关系数为0.262,未达到显著水平。同义密码子的相对使用频率大于1的密码子共27个,其中22个以A或T碱基结尾。对应性分析的结果表明,第1轴显示了22.78%的差异,与GC3、密码子适应指数和密码子偏好指数均极显著相关(P<0.01),相关系数分别为0.786、0.686和0.617,与有效密码子数的相关性未达显著水平。第2轴显示了19.28%的差异,且仅与有效密码子数极显著相关(r=0.635)。确定了刺五加功能基因的17个最优密码子。结论刺五加的功能基因偏好使用以A或T碱基结尾的密码子,其使用模式受选择和突变的共同影响。

关键词