利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

摘要

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒(PBoV)等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV-1)3种;与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabov...

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