不同温度条件下鲁氏耶尔森氏菌的链特异性转录组分析

Authors：刘韬; 魏文燕; 刘家星; 杨马; 谢恒; 何晟毓; 杨倩; 汪开毓

Source：水生生物学报, 2019, (05): 969-976.

• 鲁氏耶尔森氏菌
• 转录组测序
• 差异分析
• KEGG
• 鞭毛基因簇 Yersinia ruckeri
• RNA-seq
• Differential expression analysis
• Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
• Flagellar gene cluster

为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri) SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后,筛选得到差异表达基因,通过KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行富集分析,并利用Rockhopper软件筛选出的重要原核生物基因簇进行验证。结果显示,共筛选获得173个显著差异表达基因(P<0.05),其中包括58个上调基因,主要富集到一些特殊...

• Institution
  四川农业大学