三峡库区常见鱼类DNA条形码本地BLAST数据库的构建和应用

摘要

本研究采集三峡水库库区6目10科41属51种常见鱼类样本，测定了DNA条形码COI基因652bp同源片段，初步分析条形码序列特征、不同分类水平下K2P遗传距离及系统发育关系。研究发现：属内种间平均遗传距离为0.061，科内属间平均遗传距离为0.11，目内科间平均遗传距离为0.206。DNA条形码具有较高的物种鉴别率，49种(占总种类的96.1%)鱼类可形成明显的条形码间隙。NJ树拓扑结构也显示种、属水平的单系性得到较好支持，部分科及以上水平系统关系与形态分类结果略有差异。利用分子生物学数据库工具，以202条鱼类线粒体COI序列构建了小型DNA条形码数据库，序列检索结果显示：待检样品种类鉴定正确，与形态学鉴定结果一致。该数据库可实现该区域鱼类的快速、准确鉴定，以期为该地区鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供技术支持。

关键词