2型、5型腺病毒DNA与12型腺病毒DNA、大肠杆菌DNA序列的对比研究

Authors：王良喜; 丁国富; 鲁永玲; 罗平; 周红

Source：解放军医学杂志, 2006, 31(11): 1095-1098.

DOI：10.3321/j.issn:0577-7402.2006.11.022

• DNA
• 细菌
• 腺病毒
• CpG基序
• 抑制性CpG寡核苷酸
• 计算生物学

目的通过对2型、5型人腺病毒DNA(Adv2、5DNA)与Adv12DNA及大肠杆菌DNA(ECDNA)序列进行对比研究,确定Adv2、5DNA中能够拮抗细菌DNA的可能的活性片段——抑制性CpG寡核苷酸(CpG-NODN)。方法从NCBI核酸数据库中获取Adv2、5、12DNA和ECDNA序列,采用DNATools、BioEdit等软件对Adv2、5、12DNA和ECDNA进行序列分析和比较,确定Adv2、5DNA特征性的CpG基序,查找出Adv2、5DNA中以上述CpG基序为核心的12碱基寡核苷酸(12-ODN)。结果确定了19种Adv2、5DNA特征性的CpG基序,Adv2、5DNA中以这19种CpG基序为核心的12-ODN共504条。结论504条12-ODN可能是Adv2、5DNA的CpG-NODN。

• Institution
  中国人民解放军第三军医大学